Фамилия Пернаткин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, с высокой вероятностью связано не с внешностью или характером, а с конкретным ремеслом или товаром. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пернаткин, то есть сын или потомок Пернатки. А вот сама основа «Пернатк(а)» — это, скорее всего, не человек, а предмет.

В старых русских говорах «пернатка» означала подушку или перину, набитую пером, а в некоторых регионах — и просто пуховую постель. Человек, торговавший пером и пухом, или мастер, набивавший перины, мог получить прозвище Пернатка. Другая, менее вероятная версия — от слова «пернатый», то есть покрытый перьями, но такое прозвище дали бы скорее птицелову или человеку с необычной, торчащей шевелюрой. Однако связка с предметом быта (подушкой) выглядит убедительнее: прозвища по роду занятий в крестьянской среде были распространены шире, чем по случайным признакам.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -ин от основ на -к(а) описана как типичная для прозвищ, перешедших в фамилии без изменений. Пернаткин стоит в одном ряду с фамилиями Подушкин, Тюфякин — все они образованы от названий постельных принадлежностей. Это указывает на то, что предки носителя фамилии могли быть мелкими торговцами или ремесленниками, связанными с обработкой пера и пуха, что было важным промыслом в доиндустриальной России.

Фамилия встречается крайне редко и географически не привязана к одной области — её носители известны в центральных регионах России и в Поволжье, что говорит о бытовом, а не локальном происхождении прозвища. В дореволюционных источниках Пернаткины не фигурируют среди дворянских или купеческих родов, что подтверждает крестьянские или мещанские корни. Современные носители фамилии могут с уверенностью связывать своё родовое имя с пером и пухом — скорее с ремеслом, чем с птицей.