Фамилия Пернатий — редкий пример «говорящей» фамилии, которая почти дословно сохранила своё исходное значение. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, эта прямо указывает на внешний признак или прозвище: «пернатый» — то есть покрытый перьями, похожий на птицу.

Словообразовательная модель здесь необычна. Фамилия заканчивается на -ий, что характерно для прилагательных, перешедших в разряд фамилий (ср. Рыжий, Хромой, Толстой). Но в русской ономастике фамилии на -ий чаще встречаются у выходцев из южных и западных регионов, а также у духовенства. В случае с Пернатием, скорее всего, перед нами прозвище, которое дали человеку с пышной, «птичьей» шевелюрой, быстрыми движениями или, возможно, с длинным носом, напоминающим клюв.

География фамилии узкая. По данным современных телефонных справочников и архивов, Пернатий — фамилия, распространённая преимущественно на Украине (особенно в Черкасской и Киевской областях) и на юге России. Это говорит о том, что корни фамилии — в малороссийской среде, где прозвища такого типа были особенно живучи и часто становились фамилиями без дополнительных суффиксов.

В словарях прозвищ и фамилий (например, в работах Ю. К. Редько по украинской ономастике) встречаются сходные примеры: Пернатый, Пернач. Но форма Пернатий — более архаичная, она сохранила окончание полного прилагательного в именительном падеже, что редкость для русских фамилий (обычно они застывают в родительном: Пернатова). Это может указывать на то, что фамилия оформилась довольно поздно, в XIX веке, когда прозвище записали в документы почти без изменений.

Итак, предок носителя фамилии Пернатий — человек, которого в своей среде прозвали за что-то птичье. Не обязательно за профессию (охотник на птиц или птицелов), скорее за внешность: торчащие уши, курносый нос, быстрая походка или необычная причёска. Фамилия сохранила это прозвище почти в первозданном виде, без привычных суффиксов -ов или -ин, что делает её заметной даже в ряду нестандартных русских фамилий.