Можно предположить, что в его основу легло старинное слово «пернач» («пернат») — так называлось древнерусское холодное оружие, разновидность булавы, к головке которой приварено несколько (до двух десятков) металлических пластин (перьев). У казаков пернач служил одним из знаков атаманского звания. Поэтому можно предположить, что предок обладателя фамилии Пернай был военным. По другой версии, прозвище Пернай имеет румынские корни. Возможно, оно восходит к румынскому существительному pernă – «подушка». В этом случае прозвище Пернай мог получить тот, кто занимался изготовлением подушек, или же человек, любивший подольше поспать.