Фамилия Перпета — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не связано с русскими корнями, и это первое, что бросается в глаза. В русском языке нет слова «перпета» или близкого к нему по звучанию, которое могло бы лечь в основу прозвища или профессии. Поэтому искать этимологию стоит за пределами славянского ареала.

Скорее всего, фамилия Перпета — это русифицированная форма итальянской фамилии Perpeta или Perpetua. В Италии она восходит к латинскому слову perpetuus — «вечный», «постоянный». В церковной традиции это слово связано с именем святой Перпетуи (Perpetua), раннехристианской мученицы III века. Фамилия могла появиться у потомков итальянцев, переселившихся в Россию в XVIII–XIX веках, или у людей, получивших прозвище в духовной среде — например, у семинариста, которого за усердие в вере прозвали «Перпетуа» (вечный, неизменный). В быту окончание «-а» могли переделать на русский лад, и фамилия закрепилась как Перпета.

Другая, менее вероятная версия — связь с греческим словом περπετής (perpetis), означающим «выдающийся», «знаменитый». Но в русских документах эта фамилия практически не встречается вплоть до XX века, что говорит о её недавнем появлении или очень узком круге носителей. В дореволюционных справочниках, например в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского или словаре В. А. Никонова, фамилия Перпета не упоминается — это подтверждает её нерусское происхождение и малую распространённость.

Если смотреть по суффиксальной модели, то фамилия стоит особняком: она не имеет типичных русских окончаний -ов, -ин, -ский. Окончание -а указывает на то, что это, скорее всего, застывшая форма имени или прозвища в женском роде, что тоже нетипично для русских фамилий, образованных от мужских прозвищ. Носителей фамилии Перпета в России единицы, и встретить её можно в основном в среде потомков итальянских архитекторов, художников или мастеров, работавших в Российской империи.