Фамилия Перулина — женская форма, а её мужской вариант — Перулин. Это относительно редкая фамилия, и её корень не лежит на поверхности. Чтобы понять происхождение, нужно отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Перули). Основа — Перул или Перуля.

Самая очевидная и правдоподобная версия отсылает к славянскому имени Перун. В древности существовали нецерковные имена-обереги, образованные от имён языческих божеств: Перун, Волос (Велес), Ярило. Имя Перун, хоть и редко, но фиксировалось в документах. От него через уменьшительно-ласкательную форму Перуля (как Иван — Ивануля, Пётр — Петруля) и родилась фамилия. В таком случае предок носителя фамилии мог быть назван в честь бога-громовержца — либо как защитное имя, либо как прозвище сильного, грозного человека.

Менее вероятна, но не исключена связь с диалектным словом. В некоторых говорах «перуля» или «перун» могло означать нечто резкое, колющее, или относиться к растению (например, в ботанике есть род Перуля — Ferula, но это скорее книжное заимствование). Однако для фамилии такая «растительная» версия слаба: прозвища от названий растений обычно образуются иначе (Грибов, Репкин, Лопухов), и суффикс -ин здесь нехарактерен.

Географически фамилия Перулин встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда, что типично для фамилий от редких личных имён. В XIX веке её могли носить крестьяне или мещане центральных губерний России, где ещё бытовала память о древних славянских именах.

Таким образом, фамилия Перулина — это, скорее всего, «наследство» от редкого древнерусского имени Перун, смягчённого до ласкового Перуля. Она — один из немногих языческих следов в современном русском ономастиконе, сохранившийся вопреки тысячелетней христианской традиции имянаречения.