Фамилия Пейков принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных с помощью патронимического суффикса -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: Пейков буквально означает «сын Пея» или «человек из рода Пея». Основа фамилии — личное имя или прозвище Пей.

Самая прямая и очевидная версия связывает прозвище Пей с тюркским словом «бей» (в русской передаче часто звучало как «бек» или «пей»). В тюркских языках «бей» — это господин, князь, военачальник. В русских говорах и документах XVI–XVII веков слово «пей» могло фиксироваться как прозвище для человека властного, важного или, напротив, иронично — для того, кто любил командовать. Фамилии на -ков (Пейков, Бейков, Биков) нередко возникали именно в среде служилых людей, контактировавших с татарами, башкирами или другими тюркскими народами.

Менее вероятна, но возможна версия от русского глагола «пить» в повелительном наклонении (пей). Прозвища по действию — «Пей», «Ешь», «Ходи» — в древнерусской антропонимии встречались, но обычно они превращались в фамилии без дополнительного суффикса: Пей, Пейкин. Фамилия Пейков с суффиксом -ов указывает на более архаичную модель, где исходное слово осознавалось как имя, а не как глагольная форма.

Географически фамилия Пейков чаще всего встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически смешивались славянское и тюркское население. В этих краях фамилия могла возникнуть как в среде крестьян-землепашцев, так и среди казачества. Суффикс -ов однозначно указывает на русскую адаптацию: даже если предок носителя фамилии был тюрком или мордвином, его потомки уже в первом поколении получали русскую фамилию по отцу.

В написании фамилии возможна путаница: в дореволюционных документах её могли фиксировать как Пейковъ, а в разговорной речи иногда путают с фамилией Пейкин (от уменьшительного Пейка). Однако Пейков — более старая форма, прямо указывающая на полное имя отца.