Фамилия Пичунина — это типичная «материнская» фамилия, образованная по русской модели с суффиксом -ин. В основе лежит женское имя или прозвище Пичуня. В отличие от фамилий на -ов/-ев (которые обычно происходят от мужских имён), -ин указывает на принадлежность матери, жене или вдове. То есть Пичунин — сын или потомок Пичуни. Само прозвище Пичуня, скорее всего, связано с диалектным словом «пичуга» — маленькая птичка, птаха. В говорах так называли не только птиц, но и человека небольшого роста, худощавого, подвижного или тихого, незлобивого. В некоторых регионах «пичуней» могли прозвать ребёнка или девушку — ласково, по-домашнему.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «пичужить» в значении «пищать, издавать тонкий звук» — прозвище мог получить человек с высоким голосом или говорун. Также не стоит исключать, что в отдельных случаях Пичуня — это вариант имени Пелагея (через форму Печуня, Пичуня), но это скорее исключение, чем правило.

Географически фамилия Пичунина встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Там слово «пичуга» было в ходу, и прозвища на -уня (Пичуня, Машуня, Ванюня) типичны для северного наречия. В XIX веке носители фамилии числились в основном среди государственных крестьян и мещан.

Если смотреть на однокоренные фамилии — Пичугин, Пичкалёв, Пташкин, — становится ясно, что все они из одного смыслового гнезда, связанного с птицами. Но Пичунина выделяется именно своей «материнской» формой: она говорит не о том, что предок был похож на птичку, а о том, что его мать или бабку так звали в быту. Это придаёт фамилии особый оттенок — не столько профессиональный или внешностный, сколько семейный, домашний.