Фамилия Пидалургов — редкий случай, когда сразу видно, что перед нами не исконно русская, а греческая по происхождению фамилия. В русском языке нет корня «пидал-», зато в греческом существует слово «παιδάκι» (педа́ки) — «ребёнок, дитя», а также «παιδάριον» (педа́рион) — «мальчик, слуга». Основа «-ург» (от греческого «ἔργον» — работа, дело) знакома нам по словам «драматург», «металлург», «литургия» и означает «творец, делатель». Таким образом, в основе фамилии лежит греческое сложное слово, которое можно перевести как «детоводитель» или «воспитатель детей».

Скорее всего, фамилия образована от прозвища или профессионального наименования. В греческих семьях, живших в Российской империи (особенно в Причерноморье, на Кубани, в Таганроге, Одессе), «Пидалургом» могли называть учителя, наставника или гувернёра, который занимался с детьми. Суффикс «-ов» в конце — типичный русский патронимический суффикс, который добавили при адаптации фамилии на русской почве: греческую фамилию или прозвище «Пидалург» русифицировали, приписав к ней «-ов». Так появился «сын Пидалурга» — Пидалургов.

Встречается фамилия крайне редко. Носители её, вероятно, принадлежали к потомкам греческих переселенцев, которые осваивали южные земли России в XVIII–XIX веках. В отличие от распространённых фамилий на «-опуло» или «-иди», модель «основа + -ов» говорит о том, что предки довольно рано и плотно интегрировались в русскоязычную среду, сохранив при этом редкое родовое имя.

Других правдоподобных версий происхождения нет. Корень «пид-» на русском языке не имеет отношения к медицине (сравните с «педиатр» — тоже от греческого «пайс, пайдос» — дитя), а попытки связать фамилию с чем-то негативным — результат ложной этимологии. Фамилия Пидалургов — это, по сути, забытая запись в метрической книге о труде учителя или воспитателя, который жил в греческой диаспоре и дал свою профессию детям в качестве фамильного имени.