Фамилия Пидустов образована от прозвища, а не от крестильного имени, и в этом её главная особенность. В основе лежит украинское название рыбы — пидуст. Так на юге России и в Малороссии называли небольшую речную рыбу семейства карповых, которая водится в быстрых водах Днепра и его притоков. Слово это, в свою очередь, восходит к научному латинскому названию вида, что указывает на книжное, а не народное происхождение термина.

Прозвище Пидуст могли дать по-разному. Самая правдоподобная версия — профессиональная: родоначальник фамилии промышлял ловлей этой рыбы. В старину на южных реках существовали целые артели рыбаков, и каждого могли «закрепить» за его промыслом. Но не исключён и другой путь: прозвище могло закрепиться за человеком внешне похожим на пидуста — например, за невысоким, юрким или молчаливым. Такие «рыбные» прозвища, как Карась, Окунь или Щука, были обычным делом в славянской среде, и Пидуст стоит в этом же ряду.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную восточнославянскую модель образования: Пидустов — это «сын Пидуста», потомок человека с таким прозвищем. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного, что характерно для большинства русских, украинских и белорусских фамилий, оформившихся к XVII–XVIII векам.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где слово «пидуст» было в ходу. В северных говорах эта рыба имела другие названия, поэтому искать корни Пидустовых стоит в бассейне Днепра, Дона или в причерноморских степях. Точное место и время возникновения фамилии сейчас установить сложно — процесс закрепления прозвищ в фамилии растянулся на столетия, и письменные источники по простонародным именованиям сохранились отрывочно.

Несмотря на «рыбное» происхождение, фамилия Пидустов — редкий пример того, как диалектное слово из хозяйственного обихода перешло в род, минуя церковные календари. Она сохранила след живого народного языка, на котором говорили предки, и потому представляет собой любопытный памятник славянской культуры.