Фамилия Пильганский — редкая, но прозрачная по своей структуре. Она образована по модели, характерной для польской, украинской и белорусской ономастики: основа + суффикс -ский/-цкий. Такой суффикс указывал на принадлежность к месту или на дворянское происхождение, хотя в реальности его могли получить и крестьяне, переселившиеся из конкретного села или владения.

Основа «Пильган-» с большой вероятностью восходит к топониму Пильганы (Pilgany) или Пильган. Названий с таким корнем в современных источниках немного, но они встречаются в исторической Польше и на территории бывшей Речи Посполитой — например, в Подляшье или на Волыни. Если это так, то первый носитель фамилии получил её по названию места, откуда был родом: «Пильганский» — значит «из Пильган».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с личным прозвищем Пильга. В основе мог лежать диалектный глагол «пильгать» (в некоторых говорах — «прищуриваться», «косить» или «быстро двигаться»), либо заимствование из литовского или польского: pilkas — «серый», pilgyti — «моросить». Однако топонимическое происхождение выглядит убедительнее, потому что суффикс -ский чаще прикрепляли именно к географическим названиям, а не к прозвищам.

В Российской империи фамилия Пильганский встречалась преимущественно в западных губерниях — Волынской, Гродненской, Киевской. Носители её, судя по архивным записям, были в основном мещанами и однодворцами, реже — шляхтой, но без громких титулов. В советское время фамилия расселилась шире, но осталась малочисленной. Сегодня её можно найти в России, Украине и Беларуси, но она не входит в сотни самых распространённых.

Словообразовательно фамилия проста: корень «пильган-» и типовой суффикс. Ударение, судя по аналогии с фамилиями на -анский (Крапиванский, Селиванский), падает на второй слог: Пильга́нский. Варианта с двойным «н» (Пильганнский) не зафиксировано.