Фамилия Пилюс — редкий случай, когда сразу ясна её географическая привязка, и это не русская, а литовская фамилия. Её основа — литовское слово «pylė» (утиный самец, селезень) или, по другой версии, уменьшительная форма от личного имени «Pilypas» (литовский вариант имени Филипп). Формант «-ус» — типичный литовский суффикс, образующий фамилии (сравните: Адамкус, Будрис). В русском языке такие фамилии часто склоняются по мужскому роду как обычные существительные, но женский вариант остаётся неизменным: Анна Пилюс.

С точки зрения словообразования, это не суффиксальная модель вроде «Пилютин» или «Пилюгин», а прямая запись литовского прозвища. Если корень восходит к «pylė», то прозвище могли дать за внешнее сходство с уткой (например, за походку или манеру держать шею) или за профессиональное занятие — охоту на водоплавающую дичь. Если же основа — от имени Филипп, то фамилия означает «сын Филиппа», но в упрощённой, народной форме.

Встречается фамилия в основном на северо-западе России, в Псковской, Ленинградской областях, а также в Беларуси и Литве — там, где исторически жили литовцы или существовали смешанные славяно-литовские контакты. В дореволюционных переписях Пилюсы фиксировались как крестьяне и мещане, без связи с дворянскими родами. Известных носителей фамилии в истории немного, но сегодня она не исчезла — её можно найти в телефонных справочниках и соцсетях, что говорит о сохранении родовой памяти.

Не стоит путать фамилию с похожей «Пилюгин» — та образована от русского прозвища «Пилюга» (возможно, от глагола «пилить» или уменьшительного от «пила»). Пилюс — это самостоятельная балтская ветвь, которая не имеет ничего общего с русскими ремёслами.