Редкое крестильное мужское имя Пимен в переводе с греческого означает «пастух», а в переносном значении - «наставник». В основу же фамилии Пимоненкова легла одна из его произносительных форм - Пимон. Одним из святых покровителей этого имени считается преподобный Пимен, постник Печерский. Со временем, вероятно, род Пимоненко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.