Фамилия Пинарина — женская форма фамилии Пинарин, и её происхождение упирается в довольно редкое прозвище или диалектное слово. В основе лежит корень «пинар-», который в русских говорах имеет несколько значений, и выбрать одно главное не всегда просто.

Самый прямой и очевидный путь — от слова «пинарь». В некоторых областях России, особенно на юге и в Поволжье, так называли упрямого, строптивого человека, который «пинается», то есть сопротивляется, брыкается. Прозвище Пинарь могли дать непослушному ребёнку или взрослому с тяжёлым характером. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Пинарин, то есть сын или потомок Пинаря.

Однако есть и другая, не менее интересная версия. В архангельских и вологодских говорах «пинарь» означало не человека, а предмет — толстую палку, кол, которым подпирают ворота или загородку. В этом случае прозвище могло закрепиться за высоким, нескладным или очень прямым человеком — по аналогии с жердью. Такая модель образования (от названия предмета к прозвищу по внешности) типична для русских фамилий.

Третья, менее вероятная, но всё же возможная версия — связь с географическим названием. В России есть несколько мелких речек с названием Пинар, а также деревни с похожими корнями. Выходец из такой местности мог получить фамилию по названию реки или села, но в этом случае форма чаще была бы Пинарский, а не Пинарин.

Фамилия Пинарин (и Пинарина) встречается нечасто и не имеет ярко выраженной географической привязки к одному региону. Её носители рассеяны по всей центральной России и Поволжью. Это говорит о том, что фамилия возникла не в одном родовом гнезде, а независимо в разных местах — каждый раз как прозвище, данное по характеру или внешности. Сословной принадлежности у неё нет: Пинариными могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки.