Основой фамилии послужило церковное имя Аполлинарий. Фамилия Панарина (родственная фамилия Понарина) восходит к древнеримскому имени Аполлинарий ('принадлежащий Аполлону'). Таким образом, потомки человека, обладающего именем Аполлинарий, со временем получили фамилию Панарина.