Фамилия Панарьина — женская форма мужской фамилии Панарьин, которая образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Панарьин буквально означает «сын Панари» или «человек из семьи Панари». Основа здесь неочевидна на первый взгляд, и именно в ней скрыта главная загадка.

Корень «Панар-» скорее всего восходит к прозвищу или нецерковному имени Пана́ра. В русских говорах «панара» или «панарья» — это диалектное слово, означавшее «бездельник», «шатун», «ротозей». В. И. Даль фиксирует слово «пана́ра» в значении «нерасторопный, вялый человек» (преимущественно в южных и западных губерниях). Таким образом, прозвище Панаря могли дать человеку медлительному или рассеянному. Впрочем, не исключено, что в основе лежит иная лексика: например, в некоторых областях «панарить» означало «громко кричать, шуметь» — тогда прозвище относилось бы к крикливому, шумному человеку.

Суффикс -ин в фамилии Панарьин указывает на то, что предок носителя мог быть известен в своей общине именно как Панаря. Такие фамилии чаще всего возникали в крестьянской среде центральной России и Поволжья, где прозвища были основным способом различать однофамильцев. Фамилия Панарьин не относится к числу дворянских или старых княжеских — её происхождение чисто бытовое, народное, что типично для большинства русских фамилий на -ин.

В написании фамилии важно обратить внимание на букву «ь»: Панарьин, а не Панарин. Мягкий знак указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный (Панаря), и это отличает её от фамилий, образованных от имён типа Панара (с твёрдым «р»). Встречаются и варианты Панарин (без мягкого знака), но они могут быть следствием упрощения в документах или происходить от другого корня — например, от имени Панарий (редкая форма греческого имени Панкратий). Однако для фамилии Панарьин первична именно диалектная основа с мягким знаком.

С географической точки зрения фамилия Панарьин встречается нечасто, но имеет локальные очаги в Вологодской, Костромской и Кировской областях. Это косвенно подтверждает её севернорусское или среднерусское происхождение, где прозвища с суффиксом -арь были особенно распространены.