Фамилия Пиндакова — женская форма от Пиндаков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Пиндак. В русской ономастике основа «пинд-» встречается нечасто и вызывает у исследователей несколько версий, ни одна из которых не является бесспорной.

Самая прямая и бытовая версия отталкивается от диалектного слова «пинда» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, медлительного или нерасторопного человека, иногда с оттенком пренебрежения. В этом случае Пиндак — человек, получивший такое прозвище по характеру или поведению. Суффикс -ак в русских фамилиях часто указывает на признак или склонность (ср. Глушак, Добряк), так что словообразовательная модель здесь прозрачна.

Менее очевидная, но более интересная версия связывает корень с тюркскими или финно-угорскими заимствованиями. В ряде тюркских языков «пинда» или близкие формы означали «коза» или «дикий козёл». Если предки Пиндаковых жили в регионах Поволжья или Приуралья, где контакт с тюркскими народами был обычным делом, прозвище могло относиться к пастуху, охотнику или просто человеку с «козлиными» чертами — упрямством или проворством. Однако эта гипотеза требует подтверждения конкретной географией фамилии, которая пока не собрана.

Суффикс -ов в фамилии Пиндаков стандартен для русской модели: он указывает на принадлежность («чей?» — сын Пиндака). Это говорит о том, что фамилия сформировалась в среде крестьян или посадских людей Центральной России не позднее XVII–XVIII веков, когда отчества на -ов стали закрепляться как наследственные. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищных фамилий «низового» происхождения.

Спор между версиями решается в пользу славянской: тюркская гипотеза красива, но лишена документальных подтверждений, а диалектное слово «пинда» реально существует в русских говорах, хоть и редко. В любом случае, носитель фамилии Пиндакова — потомок человека, которого окружающие выделили метким, возможно нелестным, но запоминающимся прозвищем.