Фамилия Пиписюнин — наглядный пример того, как редкое и необычное слово может закрепиться в качестве родового имени. Её основа, «Пиписюн», в русской народной речи была шутливым или детским названием мужского полового органа. Слово образовано от корня «пип-» (звукоподражательного или связанного с детским «пи-пи») и суффикса «-юн», который придаёт оттенок уменьшительности или прозвищности. Подобные «телесные» прозвища — не редкость в русской антропонимии: они могли даваться шаловливому ребёнку, человеку с необычной внешностью или просто как дразнилка, которая со временем теряла грубость и становилась нейтральным семейным именем.

Словообразовательная модель Пиписюн + -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пиписюнин, то есть «сын или потомок Пиписюна». Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я или мягкий согласный. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давались по отцу (Иван — Иванов), -ин часто фиксировал прозвище самого первого носителя.

Географически фамилия крайне редка. По данным открытых источников, её носители встречаются в единичных случаях в центральной России, а также в среде русских старообрядцев, которые иногда сохраняли архаичные или необычные прозвища. В дореволюционных переписях и метрических книгах она почти не фиксируется — скорее всего, из-за табуированности основы: при записи священник или писарь мог заменить её на благозвучный вариант (например, Пипин, Пипинцев) или исказить до неузнаваемости.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что «Пиписюнин» стоит особняком. Например, фамилии Пипкин, Пипков или Пипцов встречаются чаще, но их основа менее прозрачна. Пиписюнин же сохранил исходную игровую форму, что делает его своеобразным лингвистическим артефактом — прозвище не было вытеснено церковным именем и дошло до наших дней почти без изменений.