Фамилия Пиписюнькин — редкий случай в русской ономастике, когда прозвище, лёгшее в основу, явно восходит к диалектному или шутливому слову, а не к крестильному имени или профессии. Строение фамилии простое: основа «Пиписюньк-» плюс типичный русский суффикс принадлежности «-ин», указывающий на родство: «чей?» — Пиписюнькин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пиписюнька.

Само слово «пиписюнька» не фиксируется в нормативных словарях русского литературного языка. Это звукоподражательное или уменьшительно-ласкательное образование от «пи-пи» (детский звук, обозначающий мочеиспускание) или от глагола «пиписькать» (пищать, издавать тонкие звуки). В русских говорах, особенно северных и уральских, «пиписюнькой» могли в шутку называть маленького ребёнка, который часто просится на горшок, или, наоборот, взрослого человека с тонким, писклявым голосом. Есть и более прозаичная версия: в некоторых регионах «пиписюнь» — название мелкого лесного гриба (вроде поганки или сыроежки), которое затем перенесли на низкорослого или щуплого человека.

Таким образом, предок носителя фамилии Пиписюнькин, скорее всего, получил прозвище за внешность или привычку — либо был невысоким и худым, либо обладал высоким голосом, либо за ним закрепилось детское домашнее имя. Фамилия образована по продуктивной модели на «-ин», что говорит о её русском происхождении, а не о заимствовании. Встречаемость фамилии крайне низкая, и её географическая привязка неочевидна: такие «говорящие» прозвища могли возникнуть спонтанно в любой местности, где в ходу была соответствующая лексика. В отличие от фамилий на «-ов/-ев», которые часто давали по отцу или хозяину, фамилия на «-ин» могла указывать на принадлежность к конкретному человеку по прозвищу, а не по профессии или сословию.