Фамилия Пишунов образована по типичной для русских фамилий модели: основа плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Пишунов, то есть сын или потомок Пишуна). В центре внимания — прозвище Пишун. Его происхождение неочевидно, и здесь есть несколько версий, из которых одна наиболее убедительна.

Самое прямое объяснение: Пишун — человек, который много и охотно пишет. В дореволюционной России грамотность была редкостью, поэтому «писарем» или «пишуном» в деревне называли того, кто за плату составлял прошения, письма и документы для неграмотных односельчан. Такое прозвище могли дать сельскому писарю, дьячку или грамотею. Слово «пишун» встречается в северных и сибирских говорах именно в этом значении — «тот, кто пишет, переписчик». Если предок носил такое прозвище, он был человеком при должности, возможно, даже уважаемым, но не из высшего сословия — скорее из крестьян или мещан, получивших навык письма.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с диалектным глаголом «пишунить» — ворчать, брюзжать, говорить невнятно или шипеть. В некоторых говорах «пишун» — тот, кто издаёт шипящие звуки, например, гусь или змея, а в переносном смысле — ворчливый человек. Однако эта версия уступает первой, так как фамилии, образованные от профессиональных прозвищ, в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем от звукоподражательных. Связь с профессией писаря логична и исторически подтверждена: фамилия Пишунов органично вписывается в ряд Пискунов, Писарев, Писаренко.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения по всей России. Пишуновы чаще встречаются в центральных и южных регионах, а также в Сибири, куда переселенцы принесли прозвища с собой. Это не аристократическая фамилия — её носители, скорее всего, происходят из среды грамотных крестьян или низших служащих, что делает её характерным примером «говорящей» русской фамилии, прямо указывающей на занятие предка.