Фамилия Пиженкова — женская форма от Пиженков, и её основа — прозвище или некалендарное имя Пижень, Пижен. В русских говорах слово «пижень» не зафиксировано в словарях литературного языка, но имеет вполне прозрачные параллели в диалектной лексике. Скорее всего, в основе лежит глагол «пижать» или «пижнуть» — в некоторых областях так говорили о негромком, жалобном звуке, писке, а также о том, кто суетится, толкается или ведёт себя навязчиво. Человек с таким прозвищем мог быть суетливым, назойливым или, наоборот, тихоней, который «пижжит» под нос.

Менее вероятна, но возможна связь с «пижоном» — словом, пришедшим в русский язык из французского через польский в XIX веке для обозначения щёголя. Однако фамилия должна была сформироваться раньше, чем это заимствование получило широкое хождение, поэтому версия с корнем «пиж-» как звукоподражательным или характеризующим поведение выглядит правдоподобнее.

Суффикс -ов- в мужской форме указывает на типичную для XVI–XVII веков модель образования русских фамилий по принципу «чей?»: Пиженков — сын Пиженя. Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от прозвища одного человека, которое закрепилось за его потомками в конкретной волости или деревне. В писцовых книгах и переписях XVII века подобных прозваний не зафиксировано, но это не удивительно: фамилии на -ов от нецерковных имён часто оставались за пределами официальных документов, если род не принадлежал к служилому сословию. Скорее всего, первые носители фамилии были крестьянами или посадскими людьми из центральных или северных губерний.