Фамилия Пкрепёлкин — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное слово. Скорее всего, перед нами искажённая запись фамилии Перепёлкин, которая в свою очередь образована от прозвища Перепёлка. В русских говорах «перепёлка» — это самка перепела, небольшая птица. Прозвище могли дать человеку невысокого роста, подвижному или обладающему звонким голосом. Потеря первой буквы «е» и замена «е» на «к» — типичная ошибка при переписи или в результате неразборчивого почерка: в дореволюционных документах буквы «е» и «к» в некоторых почерках писались похоже, а при чтении «Перепёлкин» могли осмыслить как «Пкрепёлкин» и закрепить этот вариант.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей сын?» — Пкрепёлкин, то есть сын Пкрепёлки (в исходном варианте — Перепёлки). По модели образования это типичная русская фамилия, но её редкая форма встречается в основном в центральных и южных губерниях России, где были сильны традиции прозвищ по птицам. Встречаются и варианты Перепёлкин, Перепёлов, Перепелицын — все они одного корня.

Если отбросить версию с искажением, то возможна гипотеза, что основа — диалектное слово «пкрепёлка» (не зафиксированное в словарях), но она крайне маловероятна из-за отсутствия следов такой лексемы в говорах. Более правдоподобно, что фамилия возникла при переосмыслении чужого написания: например, писарь записал фамилию на слух как «Пкрепёлкин», а позже носители привыкли к этому варианту.

Социально фамилия не несёт следов дворянского происхождения: Перепёлкины и их производные — это чаще крестьянские или мещанские фамилии, нередко встречающиеся в среде однодворцев (особенно в Тульской и Рязанской губерниях). Встретить Пкрепёлкина сегодня можно редко, но если фамилия именно так записана в документах, это верный признак того, что предки жили в местности, где письменная фиксация была небрежной, а фамилия передавалась по наследству уже в искажённом виде.