Фамилия Перепёлкина (в написании через «ё» — Перепёлкина, а в документах часто фиксируется как Перепелкина) входит в обширный пласт русских «птичьих» фамилий. Её основа — прозвище или мирское имя Перепёлка, которое давали по названию птицы семейства фазановых. Такие прозвища у славян были широко распространены: человека могли сравнить с птицей по внешности, характеру или повадкам. В данном случае Перепёлкой чаще всего называли активного, подвижного, юркого человека маленького роста — за сходство с шустрой полевой птицей, которая ловко бегает среди травы и взлетает лишь в крайнем случае.

Слово «перепёлка» в некоторых говорах и в украинском языке употребляется как синоним слова «перепел», поэтому прозвище могло звучать именно в женском роде, даже если речь шла о мужчине. Это не редкость для русской антропонимии: достаточно вспомнить фамилии Сорока, Ворона или Белка, где основа также имеет женскую форму. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Перепёлкин буквально означает «сын Перепёлки» или «человек из семьи Перепёлки». Такая модель образования характерна для северных и центральных русских земель, где притяжательные прилагательные с суффиксом -ин активно вытесняли более архаичные формы.

Существует и вторая, более древняя трактовка. До принятия христианства и даже после него, вплоть до XVII–XVIII веков, у восточных славян бытовали мирские имена, образованные от названий животных и птиц. Давая ребёнку имя Перепёлка, родители верили, что природа воспримет его как своего, а вместе с именем к нему перейдут полезные качества избранного представителя живого мира. Перепёлка — птица плодовитая, быстрая и осторожная, поэтому такое имя могло служить оберегом, пожеланием здоровья, ловкости и удачи. Со временем мирское имя забылось, а фамилия, образованная от него, осталась и закрепилась за потомками.

С перепелом в народном календаре связан день Мефодия-перепелятника, который отмечали 3 июля. В старину охотники в этот день старались поймать хотя бы одного перепела — считалось, что тогда всё лето будет удачным. Особой удачей считалась поимка белого «князь-перепела»: такой человек, по примете, обретал постоянное везение, и охотники могли неделями искать редкую птицу. Эти поверья лишний раз подчёркивают, что образ перепёлки в народном сознании был связан с удачей, ловкостью и счастьем, а значит, прозвище Перепёлка носило скорее одобрительный, ласкательный оттенок.

Фамилия не осталась только в крестьянской среде. Среди носителей фамилии Перепёлкины есть люди, оставившие заметный след в науке. Евгений Яковлевич Перепёлкин (1906–1938) — российский астроном, который предложил новый индекс далёкой ультрафиолетовой радиации Солнца, в 1932 году организовал и возглавил Службу Солнца, исследовал переменные звёзды, метеорные потоки и собственные движения звёзд. Его тёзка и, вероятно, родственник Юрий Яковлевич Перепёлкин (1903–1982) — известный египтолог, доктор исторических наук, автор фундаментальных трудов по социально-экономической истории Древнего Египта эпох Древнего и Нового царств. Такое сочетание — астроном и египтолог в одной семье — редкость, но оно показывает, что фамилия бытовала в интеллигентной среде и не утратила своего звучания.

Сегодня фамилия Перепёлкина встречается по всей России, но чаще — в центральных регионах и Поволжье, откуда, вероятно, и пошло её распространение. Написание через «ё» и через «е» не меняет смысла: обе формы восходят к одному корню и означают одно и то же — принадлежность роду, где предка звали Перепёлкой.