Фамилия Перепелкова — женская форма мужской фамилии Перепелков, но её происхождение, как и у большинства русских фамилий на -ов/-ев, отсылает к прозвищу или мирскому имени предка-мужчины. Основа здесь — «перепел» или «перепёлка». В русской традиции дохристианские имена, образованные от названий птиц, были обычным делом: их давали не в обиду, а по народному обычаю, чтобы обмануть злых духов или в честь тотемного животного. Перепел — птица не хищная и не агрессивная, но её образ в крестьянском быту был конкретным: невысокий человек, плотный, быстрый в движениях, либо, наоборот, тот, кто любит «перепевать» — то есть повторять одно и то же, напевать под нос.

Модель образования простая: прозвище Перепелко (с уменьшительно-ласкательным или пренебрежительным суффиксом -к-, как в «Ванька» или «Петька») дало фамилию Перепелков. Суффикс -ов присоединился к основе на -о, что типично для южнорусских и украинских говоров: там фамилии на -ков (Бондаренко → Бондаренков, Перепелко → Перепелков) встречаются часто. Женская форма Перепелкова — это уже «жена Перепелкова» или «дочь Перепелкова», по стандартной русской схеме.

Есть и вторая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища, данного человеку по роду занятий — ловцу перепелов. В XIX веке на юге России и в Малороссии охота на перепелов была промыслом: птиц ловили сетями или на манок, а затем продавали на рынках или отправляли в трактиры. Прозвище Перепел или Перепелка в таком случае закреплялось за охотником, а не за самой птицей. Но эта версия менее вероятна: прямых документальных подтверждений массового бытования прозвища «Перепелко» у охотников нет, а вот мирские имена по птицам — Перепел, Сокол, Воробей — зафиксированы в актах XV–XVII веков (например, в словаре С. Веселовского упоминается крестьянин Перепел, 1495 год).

Географически фамилия Перепелкова и её мужской вариант чаще встречаются в центральных и южных областях России — в Курской, Воронежской, Тамбовской губерниях, а также на Украине. В северных регионах, где перепела не водятся, фамилия редка. Сословного барьера у неё не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и даже духовенство (иногда семинаристы брали фамилии по названиям птиц как «благозвучные»).

В современном русском языке фамилия склоняется как обычное прилагательное: Перепелкова, Перепелковой, Перепелкову. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Перепе́лкова, хотя в разговорной речи встречается вариант с ударением на последний слог (Перепелко́ва), особенно если фамилия украинского происхождения.