Фамилия Перепелюков происходит от прозвища Перепелюк, которое, скорее всего, имело отношение к перепелу — дикой птице из семейства фазановых. Основа «перепел» в русских фамилиях не редкость: Перепелов, Перепелкин, Перепелицын. Но суффикс -юк указывает на южнорусское или украинское происхождение. В этом регионе прозвища на -юк (как Ковалюк, Гнатюк) обозначали сына или ученика мастера, а иногда и просто человека, связанного с названным объектом. Перепелюком могли прозвать ловца перепелов, любителя этой дичи или человека невысокого роста и плотного телосложения, напоминающего птицу.

Двойной суффикс -юк-ов — характерная черта фамилий, которые сначала оформились в украинской среде как Перепелюк, а затем, при переселении носителей в центральные или северные регионы России, получили типично русское окончание -ов. Это говорит о том, что предки Перепелюковых, вероятно, происходили из южных областей (Черниговщина, Полтавщина, Харьковщина) и в XVIII–XIX веках переместились на север или восток, где их фамилию адаптировали под местную модель. В документах курских и воронежских архивов встречаются крестьяне и однодворцы с такой фамилией, что подтверждает связь с южным пограничьем.

Слово «перепелюк» в диалектах иногда имело и переносное значение — так могли назвать суетливого, хлопотливого человека, который постоянно «перепелит» (мельтешит, суетится). Но первичным всё же остаётся птичье прозвище, тем более что охота на перепелов была промыслом в степных и лесостепных зонах. Таким образом, фамилия Перепелюков — не просто «птичья», а с чёткой региональной привязкой к югу, что отличает её от более северных вариантов вроде Перепелова.