Фамилия Плахтыря выделяется необычным окончанием, которое сразу бросается в глаза. В русской ономастике гораздо привычнее фамилии на -ов, -ин или -ский. Форма на -я, да ещё и с беглым гласным в основе (Плахтырь — Плахтыря), указывает на украинское происхождение. Скорее всего, это родительный падеж от прозвища Плахтырь, который в украинской традиции мог закрепиться как фамилия в значении «сын Плахтыря» или просто как именование по отцу. Такой способ образования (форма на -а/-я) типичен для украинских фамилий, особенно в центральных и западных регионах.

Корень фамилии — «плахта». Это слово в украинском языке имеет два основных значения. Первое — кусок плотной ткани, дерюга, половик. Второе, более специфическое, — женская одежда вроде запаски или юбки из шерстяной клетчатой ткани, которую носили в некоторых регионах Украины. Кроме того, в южных говорах «плахта» могла означать широкую доску, плаху. Прозвище Плахтырь могли дать человеку, который торговал тканями, шил одежду, ткал половики, либо тому, кто выделялся грубой, мешковатой одеждой. Или же человеку плотного, «широкого» телосложения — по аналогии с доской или тканью.

Суффикс -ырь в основе не типичен для русских фамилий, но встречается в украинских прозвищах (сравните: Плахтырь, Козырь, Пузырь). Он часто придаёт слову оттенок носителя признака или деятеля. То есть Плахтырь — это не просто «плахта», а человек, связанный с плахтой: либо тот, кто её делает или носит, либо тот, кого так прозвали за сходство.

Географически фамилия Плахтыря должна быть привязана к территории современной Украины, особенно к центральным и южным областям. В России она встречается редко и, как правило, у потомков переселенцев. В написании возможны варианты: Плахтырь (именительный падеж как фамилия) или Плахтыря (форма в родительном, закрепившаяся в документах). Вероятнее всего, исходная форма — Плахтырь, а написание Плахтыря — это результат записи в метрических книгах или паспортах, где фамилию фиксировали в родительном падеже, и она прижилась.

Таким образом, фамилия Плахтыря — украинская по происхождению, образованная от прозвища, связанного с тканью, одеждой или внешностью. Она недвусмысленно указывает на ремесленные или бытовые корни предка.