Фамилия Плаксенкова — женская форма фамилии Плаксенков, и, как почти все фамилии на -ов/-ев, она образована от мужского прозвища или имени. Основа здесь — «Плаксен» или «Плакса», а суффикс -енк- указывает на уменьшительно-ласкательную или, что важнее, на патронимическую форму: Плаксенок — «сын Плаксы». Такая модель (основа + -енок/-онок) была характерна для северных и центральных русских говоров и часто превращалась в фамилию через добавление -ов: Плаксенков буквально означает «сын Плаксёнка», то есть внук Плаксы.

Корень слова — «плакса», то есть человек, который много и часто плачет. В Древней Руси такое прозвище не обязательно было обидным или указывало на капризного ребёнка. Плаксой могли назвать младенца, который родился с криком, или взрослого, склонного к слезам от горя или умиления. В документах XV–XVII веков встречаются реальные люди с таким прозвищем: например, крестьянин Плакса в новгородских писцовых книгах. Прозвище могло закрепиться за родом, и уже внук Плаксы стал Плаксенковым.

Интересная деталь: суффикс -енк- в фамилиях часто указывает на украинское или белорусское происхождение (сравните с фамилиями Коваленко, Бондаренко), но в случае с Плаксенковым он, скорее всего, севернорусский. В русских говорах Архангельской, Вологодской, Вятской губерний форма «Плаксёнок» (через ё) была обычной для обозначения сына или потомка. Фамилия Плаксенков распространена в основном в Центральной России и Поволжье, что подтверждает её исконно русский, а не украинский характер.

Версия о происхождении от церковного имени Плакида (греч. «плоский, широкий») маловероятна: народная переделка Плакида в Плаксу возможна, но для фамилии Плаксенков более убедительной остаётся прямая связь с прозвищем Плакса. В современных справочниках фамилия не считается редкой, но и не входит в число самых частых — её носители живут преимущественно в Нижегородской, Кировской и Московской областях.