Фамилия Подгоных — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а глагол с приставкой. Её ядро — «подгонять», что в старину означало не только «приближать, прилаживать», но и «торопить, понукать». Прозвище Подгоня (или Подгон) могли дать человеку нетерпеливому, который постоянно всех подгонял, либо, напротив, тому, кто сам всё делал быстро и торопил других. Второй возможный смысл — бытовой: так могли назвать мастера, который подгонял детали, например, в плотницком или кузнечном деле.

Главная особенность фамилии — окончание -ых. Такая форма типична для русского Севера и некоторых областей Сибири (Архангельская, Вологодская, Вятская губернии). В этих местах фамилии на -их/-ых отвечали на вопрос «чей?» и передавались по наследству в неизменном виде: Подгоных — из семьи Подгон. В центральной и южной России ту же основу превратили бы в Подгонов или Подгонин, но северная модель сохранила исходное звучание.

Суффикс -ых указывает на то, что фамилия закрепилась не в дворянской, а в крестьянской или посадской среде. Она не попала в официальные родословные книги, зато жила в устной традиции. В документах встречается редко, что неудивительно: фамилии на -их долго не признавали «правильными» и при переписях нередко переделывали на -ов.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Подгоняев, Подгонщиков) показывает, что Подгоных — более архаичная форма, возникшая раньше, чем суффиксальные варианты. Если Подгонов мог появиться в XVII–XVIII веках, то Подгоных — скорее XVI–XVII, когда прозвища ещё не стали регулярными фамилиями. Сегодня эта фамилия — живой след северорусской ономастики, сохранивший глагольную энергию в неизменном окончании.