Фамилия Подгоный — редкий пример, где словообразовательная модель сразу подсказывает, кем был предок, но заставляет задуматься о диалектных особенностях. В основе лежит глагол «подгонять» или существительное «подгон». В большинстве славянских языков «подгон» — это то, что подгоняют, прилаживают, а также прибавка, добавка (сравните украинское «підгін» — пригон, добавление). Однако фамилия образована не от существительного, а от прилагательного «подгоный» (с ударением на второй слог), которое в русских говорах имело конкретное значение: «пригнанный со стороны», «чужой», «пришлый».

Суффикс -ый в русских фамилиях встречается редко — это старая, полная форма прилагательного, которая застыла в имени. Обычно так образовывались прозвища, указывающие на характерный признак: Толстый, Косой, Глухой. Подгоный — тот, кто «подогнан» к месту, то есть не коренной житель, а переселенец, пришлый человек. В крестьянской среде такое прозвище могли дать человеку, который пришёл в село со стороны и поселился здесь, «пригнался» за лучшей долей. В некоторых регионах слово «подгон» означало также «прибавка к плате» или «довесок», но для фамилии более вероятна версия с указанием на происхождение человека.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям. В документах XVII–XVIII веков встречаются казаки с прозвищем Подгонный (с двумя «н»), что подтверждает связь с переселенцами — на Запорожье и Дон часто приходили «подгонные люди» из центральных губерний. Форма Подгоный (с одним «н») могла возникнуть как упрощение на письме или как результат акающего произношения.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к ремеслу «подгонщика» (того, кто подгоняет детали) — это более позднее, техническое значение слова. В ономастике известен ряд фамилий с тем же корнем: Подгон, Подгонный, Подгоняев. Все они указывают на одно и то же — человека, которого «подогнала» к новому месту жизнь. Так что предок носителя фамилии Подгоный был, скорее всего, не местным старожилом, а тем, кто когда-то пришёл на новое место и остался здесь навсегда.