Фамилия Подхомутников ведет свое начало от прозвища Подхомутник. Оно, вероятно, происходит от аналогичного нарицательного со значением «войлочная прокладка под хомутом». Хомут – одна из главных частей конской упряжи, надеваемая на шею лошади. Подхомутник обычно делали из соломы или холста, реже обтягивали кожей. Можно предположить, что прозвище Подхомутник относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род занятий предка. Скорее всего, он занимался изготовлением конской упряжи. Кроме того, согласно «Толковому словарю живого великорусского языка» В. Даля, в псковских говорах подхомутником иногда называли мошенника или вора. Так и прозвище Подхомутник закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Подхомутников. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подхомутник, со временем получил фамилию Подхомутников.