Фамилия Подхомутова хранит память о прозвище дальнего предка — Подхомут. В основе лежит нарицательное «подхомутник» — войлочная прокладка под хомутом, которую делали из соломы или холста, реже обтягивали кожей. Хомут — главная часть конской упряжи, надеваемая на шею лошади, поэтому первая версия происхождения прозвища — профессиональная: предок мог изготавливать конскую упряжь или войлочные подкладки к ней.

Однако у прозвища есть и второе прочтение. В «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля зафиксировано, что в псковских говорах подхомутником называли мошенника или вора. С учётом этого Подхомутом могли прозвать человека нечестного, склонного к обману. Какая версия правдоподобнее — сказать трудно: обе имеют право на жизнь, и без дополнительных сведений о конкретном родоначальнике вопрос остаётся открытым.

Сама модель фамилии проста и типична для русских родовых имён: прозвище Подхомут + патронимический суффикс -ов. Так за потомками закрепилось имя предка, которое со временем превратилось в фамилию, передающуюся из поколения в поколение и по сей день хранящую память о происхождении человека.