Фамилия Подхомутов — редкий пример того, как одно прозвище может вести к двум совершенно разным историям предков. В основе фамилии лежит именование Подхомут, а оно, в свою очередь, связано со словом «подхомутник». Так называли войлочную прокладку, которую подкладывали под хомут — главную часть конской упряжи, надеваемую на шею лошади. Делали её из соломы или холста, иногда обтягивали кожей.

Скорее всего, прозвище Подхомут относилось к «профессиональным» именованиям: так могли прозвать человека, который занимался изготовлением конской упряжи или был возницей, хорошо знавшим её устройство. Но есть и другая, менее очевидная версия. В «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля зафиксировано, что в псковских говорах подхомутником называли мошенника или вора. Поэтому не исключено, что прозвище Подхомут закрепилось за человеком с не самой честной репутацией, склонным к обману.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: к прозвищу Подхомут добавили патронимический суффикс -ов, который отвечал на вопрос «чей?» и означал «сын такого-то». Так потомок человека по прозвищу Подхомут со временем стал писаться Подхомутовым. В отличие от фамилий, образованных от канонических имён, эта сохранила память не о крестильном имени предка, а о его бытовом прозвище, которое могло характеризовать и род занятий, и черты характера.