Фамилия Подковальникова — женская форма от Подковальников, и её происхождение напрямую связано с ремеслом, а точнее — с одним из самых востребованных и уважаемых занятий в старой России. В основе лежит слово «подковальник» — так в некоторых говорах называли кузнеца, который специализировался на подковывании лошадей. В отличие от общего названия «кузнец», подковальник — это более узкая специальность, мастер по изготовлению и подгонке подков. Фамилия образована по стандартной модели: от названия профессии с помощью суффикса -ов (Подковальников), обозначающего принадлежность: «сын подковальника». Суффикс -а в женской форме указывает на принадлежность к роду.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: основа (подковальник) плюс патронимический суффикс -ов. Интересно, что слово «подковальник» не было повсеместным. В центральных и южных губерниях чаще говорили просто «коваль» или «кузнец», а вот в северных и сибирских говорах, а также в некоторых регионах Поволжья, где конное дело играло особую роль, «подковальник» мог быть вполне обиходным термином. Это даёт географическую привязку: скорее всего, предки Подковальниковых жили в тех краях, где лошадь была основным транспортным средством и требовала регулярного ухода — на Севере, Урале, в Сибири или среди казачества.

Редкий суффикс -ник в основе (вместо более частого -щик или -ец) — ещё одна деталь, выделяющая фамилию. Если бы фамилия пошла от слова «подковщик» (человек, делающий подковы), она звучала бы как Подковщиков. Но «подковальник» — это именно тот, кто куёт и набивает подковы, то есть мастер «по горячему», работающий с лошадью напрямую. Сравните с однокоренными фамилиями: Ковалёв (самая распространённая), Кузнецов, Подковыров (от прозвища). Подковальников стоит в этом ряду особняком, указывая на очень конкретное и узкое ремесло.

Социально фамилия недворянская: она происходит из среды ремесленников и крестьян. В дореволюционных документах такие фамилии часто встречаются у государственных крестьян, мастеровых, а также у казаков, где конь был главным достоянием. Споров о происхождении здесь почти нет — прозрачная семантика, и альтернативные версии (например, от некоего прозвища «Подковальник», данного за характер) маловероятны, хотя и возможны в принципе. Правдоподобнее всего, что первый носитель фамилии был именно тем, кого называли подковальником, и его дети стали Подковальниковыми.