Фамилия Подкутин образовалась от прозвища или нецерковного имени Подкута. В основе лежит глагол «подкутать» — в южных и западных говорах так говорили о действии «подвязать, подмотать, укутать». Прозвище Подкута могли дать человеку, который постоянно кутался в одежду, носил много тёплых вещей даже в тёплую погоду, или же тому, кто занимался починкой и подвязыванием одежды — своего рода домашний портной.

Модель образования проста: к основе Подкут- добавился патронимический суффикс -ин, типичный для русских фамилий, указывающих на принадлежность к отцу («чей сын?» — Подкутин). Формант -ин характерен для основ на -а, -я, поэтому Подкута превратилась в Подкутин, а не в Подкутов. Такая же словообразовательная схема у фамилий Подкуйко, Подкутный — они могут быть однокоренными, но различаются диалектным оформлением и территорией бытования.

Спорных версий немного: иногда фамилию связывают с диалектным «подкут» — так в псковских и тверских говорах называли место под кутом (углом в доме или хлеву). Если прозвище дали по месту жительства, Подкутиным могли назвать того, кто жил в пристройке или в угловой части дома. Но эта версия менее вероятна: суффикс -ин при таком значении встречается реже, а глагольная основа «подкутать» даёт более прозрачную и распространённую мотивацию.

Фамилия Подкутин встречается в основном в центральных и южных областях России — в Воронежской, Ростовской, Волгоградской областях, что подтверждает её связь с южнорусскими говорами, где слово «кутать» было в ходу. Сословного барьера фамилия не имела: её носили и крестьяне, и мещане, и однодворцы.

Известных носителей с громкой исторической фамилией нет — это рядовая русская фамилия, возникшая в бытовой среде. Её ценность не в знаменитости, а в том, что она сохранила живое диалектное слово и рассказала о привычке или занятии предка.