Фамилия Покутин — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с географическим названием. В основе лежит топоним Покутье — историческая область на западе Украины, в междуречье Прута и Черемоша, с центром в городе Коломыя. Покутье граничило с Галицией и Буковиной, и название региона, скорее всего, восходит к слову «кут» — угол. Человек, переселившийся из тех мест или имевший там корни, получал прозвище Покута или Покутин, которое и закрепилось за его потомками.

Суффикс -ин указывает на модель образования «чей?» — то есть «сын Покуты» или «человек из семьи Покутиных». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и мещан на восточнославянских землях. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от мирских имён и прозвищ с твёрдой основой, -ин присоединялся к основам на -а, -я. Таким образом, Покутин — это «притяжательная» фамилия, указывающая на родоначальника по прозвищу Покута.

Встречается и другая, менее вероятная версия. Слово «покута» в некоторых южнорусских и украинских говорах имело значение «раскаяние», «покаяние». В этом случае прозвище Покута мог получить человек, который публично каялся в чём-то, возможно, монах-отшельник или просто набожный человек. Однако, учитывая чёткую географическую привязку к Покутью и обилие фамилий, образованных от названий местностей (например, Волынин, Подолин), топонимическая версия выглядит значительно убедительнее.

Фамилия встречается преимущественно в западных регионах России и на Украине, что подтверждает её «покутьские» корни. В дореволюционных документах можно найти упоминания мещан и крестьян с фамилией Покутин, живших в Подольской и Волынской губерниях. Писали её устойчиво, без вариантов, что говорит о том, что фамилия сложилась достаточно поздно, уже после закрепления орфографических норм.

Сравните её с однокоренными фамилиями: Покутько, Покуцкий, Покутинский. Все они ведут к одному корню — названию земли, которая когда-то была «углом» (кутом) на перекрёстке культур и государств.