Фамилия Подлипенко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая означает «сын» или «потомок». Суффикс -енко стал доминирующим в восточной Украине в XVI–XVII веках, и Подлипенко в этом ряду — одна из тех фамилий, где основа говорит о географическом происхождении предка. В основе лежит название населённого пункта — Подлипное или Подлипки. Таких сёл и деревень много на Украине и в западных областях России: они стояли «под липами», то есть в низине у липовой рощи. Первым носителем фамилии мог быть человек, который переселился из такого села и получил прозвище Подлипенко — «выходец из-под лип».

Версия с прозвищем по месту жительства — самая прямая. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «подлипа» — так в некоторых говорах называли льстеца или подхалима. Но для фамилии Подлипенко такой вариант слаб: суффикс -енко в украинской традиции почти не прикреплялся к личным прозвищам с отрицательной окраской, а скорее к топонимам или именам. К тому же, если бы основа была прозвищной, фамилия скорее звучала бы как Подлипа или Подлипин.

В польских и белорусских метриках встречаются похожие формы — Podlipienko, Podlipiński, что подтверждает миграционный характер фамилии. В XIX веке носители фамилии Подлипенко фиксируются в Полтавской, Харьковской и Черниговской губерниях — как раз в зоне активного формирования фамилий на -енко. Сословно это были преимущественно казаки и крестьяне, реже — мещане.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В украинском языке оно падает на «и» — Подли́пенко, а в русском часто смещается на последний слог — Подлипенко́. Оба варианта исторически допустимы, но первый точнее отражает украинскую словообразовательную модель.

Таким образом, Подлипенко — типичная «топонимическая» фамилия украинского корня, которая говорит о том, что предок её носителя жил в селе с липовой рощей. Никакой тайны или сложной этимологии здесь нет, но именно в этой прозрачности — её ценность: она прямо указывает на ландшафт и место, где начиналась история рода.