Фамилия Подлипских относится к характерному для северных и центральных областей России типу фамилий на -их/-ых. Такие фамилии указывали на принадлежность к семье или роду: Подлипских — «из семьи Подлипки» или «те, кто живут у лип». В основе — топоним Подлипки, очень распространённое название деревень и сёл, которых по стране десятки. Название, в свою очередь, происходит от места «под липами»: селение, стоящее в низине, у липовой рощи или на месте вырубленного липняка.

Суффикс -ск- в основе (Подлип-ск-их) указывает на прилагательное, образованное от географического названия. Фамилия закрепилась в форме родительного или предложного падежа множественного числа — так в старину говорили: «он из Подлипских», то есть из тех, кто родом из Подлипок. Со временем эта форма застыла и стала наследственной. Встречаются варианты написания: Подлипский, Подлипских, Подлипкины, но все они восходят к одному корню.

Скорее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или однодворцем из деревни Подлипки. Такие селения известны в Рязанской, Тульской, Калужской, Московской и других областях. В некоторых говорах «подлипки» могли называть не только деревню, но и заросли липы у воды, что также могло стать прозвищем для человека, жившего в такой местности.

Редкость фамилии в том, что она сохранила архаичную падежную форму на -их, типичную для северных говоров, но с основой на -ск-, что встречается реже, чем простые «Подлипкины» или «Подлиповы». Это говорит о том, что фамилия могла сложиться не в крестьянской среде, а среди служилых людей или однодворцев, которые часто использовали топонимические прозвания с суффиксом -ский. В любом случае, связь с липой и местом под ней — самая прямая и очевидная версия.