Фамилия Подлипнова — женская форма от Подлипнов, и её происхождение надёжно выводится из географического названия, а не из личного прозвища. Основа здесь — «под липой» или «под липами». В русских говорах слово «липняк» означало липовую рощу, а «подлипье» — место у липового леса. Человек, живший в такой местности, легко получал прозвище Подлипный или Подлипок. Фамилии на -ов/-ев образовывались от названий урочищ и деревень: Подлипки, Подлипное — такие топонимы встречаются в нескольких областях России, особенно в центральных.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прилагательных на -ый/-ой. Подлипнов буквально значит «сын Подлипного». Интересно, что фамилия не перешла в форму Подлипский, хотя модель на -ский тоже возможна для выходцев из села Подлипки. Выбор суффикса -ов указывает на то, что предок, скорее всего, не был дворянином или духовным лицом — эти сословия чаще брали фамилии на -ский. Подлипновы, вероятно, крестьяне или однодворцы, жившие вблизи липовых рощ.

Есть и более редкая версия: прозвище Подлипа могло относиться к человеку льстивому, «подлипале». Но в таком случае фамилия звучала бы как Подлипин (от «подлипа»), а не Подлипнов. Форма на -ов от прилагательного «подлипный» крепче связывает фамилию с местностью, а не с характером. Поэтому основная гипотеза — топонимическая, и она же самая правдоподобная.

В дореволюционных записях фамилия встречается редко, сосредоточена в центральных губерниях: Тульской, Рязанской, Калужской. Там и сегодня немало деревень с названием Подлипки, Подлипное или Подлипово. Носители фамилии могли быть переселенцами из таких мест, и фамилия закрепилась за целым родом. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: По́длипнов, хотя в разговорной речи встречается вариант Подли́пнов — он менее логичен, так как противоречит ударению в исходном слове «подлипный».