Фамилия Подлыгатова — редкий случай, когда прозвище разбирается почти буквально, но с оговоркой. Основа здесь — глагол «лыгать» (старое русское слово, означавшее «лгать»). Человек, которого в старину называли Лыга, — лгун, обманщик. А приставка «под-» в прозвищах обычно указывает на второстепенное или скрытое качество: «подлыга» — тот, кто лжёт исподтишка, подхалимно, с уловкой. В словарях русских говоров это слово фиксируется именно с таким значением — льстец, хитрец, который говорит неправду, поддакивая. Первым носителем прозвища был, скорее всего, человек, прослывший не прямым вруном, а изворотливым и неискренним в общении.

Суффикс «-ов» указывает на притяжательную модель: Подлыгатов — потомок Подлыги. Такая фамилия могла закрепиться в северных и центральных русских говорах, где слово «лыгать» было в ходу. В южных регионах чаще употребляли «брехать», поэтому фамилия Подлыгатова географически тяготеет к Поволжью, Вятке, Архангельской области — местам, где старые диалектизмы дольше держались в быту.

Мужская форма — Подлыгатов. Женская — Подлыгатова (не склоняется по падежам как прилагательное). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Подлы́гатов, но в народной речи могло сместиться на третий — Подлыга́тов. В документах XVII-XVIII веков фамилия могла писаться через «о» — Подлыгатовъ, а в некоторых переписях встречается вариант «Подлыгатов» без смягчения, что указывает на твёрдое произношение основы.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — прозвище было слишком откровенно бытовым, чтобы его взяли в гербовники. В советское время фамилия могла вызывать неловкость из-за негативного значения, поэтому некоторые носители меняли её на Подлыгаев (с более нейтральным суффиксом) или вовсе на Правдивцев, чтобы избавиться от «лживого» корня. Сегодня фамилия Подлыгатова встречается редко, в основном в Кировской и Нижегородской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири.