Фамилия Подпалкин — одна из тех, где корень настолько прозрачен, что сразу подталкивает к бытовой догадке: «подпалить», «подпалка». И эта догадка, скорее всего, верна, но с оговоркой: прозвище Подпалок или Подпалка вряд ли давали поджигателю. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «подпалком» называли не столько огонь, сколько то, что разжигают, — растопку, тонкие сухие ветки, бересту. Мужчина, которого в деревне прозвали Подпалком, мог быть тем, кто заготавливал или приносил такой материал, либо просто имел отношение к печному делу. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Подпалкин, то есть сын или потомок Подпалка.

Менее очевидный, но возможный вариант — связь с глаголом «подпалить» в значении «подогреть», «слегка обжечь». В этом случае прозвище могло закрепиться за кузнецом или работником, который что-то калил на огне, или за неосторожным человеком, который часто обжигался. Однако в ономастике чаще фиксируется именно предметное значение прозвища, а не глагольное действие.

Фамилия редкая и географически привязана к центральным и южнорусским областям, но встречается и на Урале. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии Подпалкины записаны как крестьяне и мещане, без связи с дворянством. Модель образования — типичная для восточнославянских фамилий на -ин, которые строятся от основ на -а/-я. Если бы прозвище звучало как Подпалок, фамилия была бы Подпалков — но в языке закрепился вариант с мягким окончанием.