Фамилия Подпалая — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве родового прозвания. В русской традиции такие фамилии на -ая обычно указывают на прилагательное, которое описывало не самого человека, а его двор, усадьбу или местность, откуда он родом. Если бы фамилия была мужской, она звучала бы как Подпалый, но в документах закрепился именно женский вариант — вероятно, из-за того, что запись велась со слов вдовы или хозяйки дома.

Основа фамилии — прилагательное «подпалый». В русских говорах у этого слова несколько значений. Самое прямое — «подпаленный», «опаленный снизу», «слегка обгоревший». Так могли назвать человека с рыжеватыми или темными волосами, будто бы опаленными огнем, или того, кто получил ожог. В диалектах, особенно южнорусских, «подпалый» означало и «хитрый», «лукавый», «себе на уме» — то есть прозвище могло относиться к характеру.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых областях «подпалый» называли коня или корову с подпалинами — светлыми пятнами на темной шерсти. Прозвище Подпалый могли дать человеку за внешнее сходство с такой мастью: за светлую бороду на смуглом лице или за пегую, рябую кожу. Фамилия могла возникнуть и из прозвища самого хозяина, и из названия его хутора или выселка — например, деревни Подпалая, где жили люди с таким же прозвищем.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, особенно к бывшим казачьим областям. В реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища Подпалый, а в XIX веке носители фамилии Подпалая фиксируются в Воронежской, Курской и Харьковской губерниях. Среди однокоренных — Подпалов, Подпаленко, Подпалюк — но форма Подпалая стоит особняком, сохраняя прямую связь с исходным прилагательным.

Суффикса здесь нет: фамилия образована по модели субстантивированного прилагательного женского рода, что для русской ономастики редкость. Обычно так оформлялись фамилии у старообрядцев или в среде однодворцев, где женщины нередко становились главами дворов. Так что предок носительницы фамилии Подпалая мог быть либо хитрым мужиком с рыжей бородой, либо владельцем пегого коня, а сама фамилия — памяткой о том, что в основе лежит не имя, а живая черта.