Фамилия Подпалько звучит по-украински, и это не случайно: суффикс -ко — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он указывал на молодого человека, сына, ученика или просто носителя прозвища, то есть исходно означал «сын Подпаля» или «маленький Подпаль». Само прозвище Подпаль, от которого пошла фамилия, в старину означало подпалину, подпаленное место, ожог. Поэтому логичнее всего предположить, что прозвище закрепилось за человеком со следами ожогов на лице или руках — такая примета была заметной и легко цеплялась в качестве именования.

Менее вероятная версия связывает прозвище с глаголом «подпалять» — поджигать, зажигать. Отсюда уже один шаг до «подпального», то есть поджигательного, человека. В этом случае прозвище могли дать либо виновнику случайного пожара, либо человеку с горячим, вспыльчивым нравом, который «вспыхивал» как порох. Однако эта гипотеза слабее: прозвища по внешним физическим признакам в крестьянской среде встречались чаще, чем прозвища по редким происшествиям, поэтому версия с ожогом выглядит правдоподобнее.

Интересно, что в русском языке есть родственная фамилия Подпалов, а также Подпальчиков — все они образованы от того же корня. Украинская форма Подпалько, в отличие от них, сохранила уменьшительно-сыновью модель, что говорит о её более позднем закреплении, когда прозвище уже передалось следующему поколению. В документах фамилия встречается преимущественно в Черниговской и Полтавской губерниях, что согласуется с ареалом распространения фамилий на -ко. Точных сведений о дворянском или крестьянском происхождении рода нет, но судя по модели образования, перед нами типичная фамилия сельского жителя, которого в округе знали по характерной примете или поведению.