Фамилия Подчалкин, при всей своей внешней простоте, ставит перед исследователем интересную задачу: её основа неочевидна. Если отбросить типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Подчалки), то остаётся корень Подчалк-. Здесь возможны две основные версии, и обе ведут в мир ремёсел и быта.

Первая, и наиболее вероятная, версия — профессиональная. В русских говорах, особенно на Севере и в Поволжье, словом «подчалок» (или «подчалка») называли небольшую лодку, барку или плоскодонное судно, которое использовали для подвоза грузов к крупным кораблям, стоящим на рейде. «Подчаливать» — значит приставать к берегу или к другому судну. Соответственно, Подчалкин — это сын подчальщика, то есть человека, который управлял такой лодкой, работал на подчалке. Фамилия могла закрепиться за бурлаком, лоцманом или просто речником, чья жизнь была тесно связана с речным транспортом. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается в старых документах по Вологодской, Архангельской и Нижегородской губерниям — регионам с развитым речным судоходством.

Вторая версия — прозвищная, от глагола «подчалить» в переносном смысле. В некоторых диалектах «подчалить» означало «подойти незаметно, подкрасться» или, наоборот, «пристать, прицепиться» к кому-то с разговором. Человека, обладавшего такой манерой поведения — тихого, подкрадывающегося, или, напротив, назойливого, — могли прозвать Подчалком. Однако эта гипотеза менее убедительна: прозвища от глаголов движения обычно образуются через суффикс -а (Подчала, Подчалила), а суффикс -ок чаще даёт название предмета или орудия действия.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа (прозвище или название профессии) Подчалок + притяжательный суффикс -ин. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Подча́лкин. Встречаются и варианты с ударением на последний слог (Подчалки́н), но это уже влияние региональных говоров или случайная ошибка. Однокоренных фамилий немного, и они редки: Подчалов, Подчалин, Подчальщиков. Все они, так или иначе, отсылают к той же речной тематике.

Таким образом, фамилия Подчалкин — это, скорее всего, «речная» фамилия, указывающая на занятие предка, связанное с лодками и перевозкой грузов по воде. Она не принадлежит к числу широко распространённых, но сохраняет в себе память о тех, кто кормился с воды, работая на подчалках больших судов.