Фамилия Подрыгун — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, без суффикса -ов или -ин. Перед нами чистая основа глагола «подрыгать» — то есть слегка подпрыгнуть, дёрнуться, сделать резкое движение ногой. В говорах слово «подрыгун» могло означать человека непоседливого, суетливого, который не стоит на месте, постоянно ёрзает или пританцовывает. Вторая, более прозаичная версия: так могли прозвать того, кто при ходьбе слегка прихрамывал или подволакивал ногу — то есть «подрыгивал» ею.

Словообразовательная модель здесь архаичная. Фамилии на чистую основу без патронимического суффикса — редкость для центральной России, но встречаются в южных и западных регионах, особенно среди казачества и на украинско-русском пограничье. Там прозвища часто переходили в фамилии напрямую, без переработки. Поэтому Подрыгун — фамилия не столько «сын Подрыгуна», сколько сам носитель прозвища.

В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели описаны как «застывшие прозвища» — они обычно старше по происхождению, чем фамилии на -ов, и нередко указывают на конкретную черту первого носителя. В данном случае — на манеру двигаться, которая бросалась в глаза окружающим.

Родственные фамилии — Подрыгалов, Подрыгин, Подрыгайло — образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Подрыгун стоит особняком: он звучит как прямая характеристика, почти как кличка, и это придаёт фамилии выразительность. Среди дворянства такая фамилия не встречается — её социальная среда: крестьянство, казачество, мещанство. Носитель, скорее всего, был человеком заметным в своей общине — либо из-за неуёмной энергии, либо из-за физической особенности.