Фамилия Подигун — редкая и неочевидная для современного уха. Если отбросить предположения о «под игуном» (монахом, находящимся под началом), то при ближайшем рассмотрении выясняется, что основа здесь — диалектный глагол или прозвище, а не церковная должность.

Самая вероятная версия связывает фамилию с южнорусским или украинским словом «дигун» или «дигати» — прыгать, скакать, резко двигаться. Приставка «по-» в этом случае образует глагол со значением действия, совершённого недолго или слегка: «подигать» — немного попрыгать, поскакать. Соответственно, Подигун — это прозвище непоседливого, вертлявого человека, который не стоит на месте. Такая модель словообразования (глагольная основа + суффикс -ун) типична для русских прозвищ: «играть» — Игрун, «кричать» — Крикун, «подигать» — Подигун. Суффикс -ун в таких фамилиях активно указывает на носителя действия.

Менее убедительна, но возможна связь с диалектным «дигун» — так в некоторых говорах называли вид насекомого (например, овода) или нечто зудящее, надоедливое, что тоже могло стать прозвищем. Однако глагольная версия выглядит логичнее, поскольку фамилия Подигун встречается в тех же регионах, где фиксируются фамилии Игунов, Дигунов и образованные от «подигать» — Подигалов, Подигин.

Фамилия зафиксирована преимущественно на юге России, в частности в Ростовской области и Краснодарском крае, что хорошо совпадает с ареалом бытования украинизмов в русских говорах. Встречается она и у казаков, что неудивительно: прозвища по характеру и повадкам в казачьей среде были особенно распространены.

С точки зрения морфологии, фамилия оформлена нулевым окончанием, что типично для прозвищ, перешедших в фамилии без дополнительных суффиксов (ср. Трегуб, Кривонос). Это указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда прозвище перестало быть описательным и закрепилось за родом.

Таким образом, предок Подигун был, скорее всего, человеком подвижным, непоседливым, возможно, суетливым или танцующим — прозвище, которое в крестьянской или казачьей среде давали не в обиду, а по заметной черте.