Фамилия Подшебякин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным физическим действием или положением. Разберем её по составу: корень «-шебяк-» и приставка «под-». «Шебяка» или «шебяк» — в русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли задиру, драчуна, человека, который «шебешится», то есть суетится, ёрзает, лезет в драку. Глагол «шебешить» (или «шебенить») означал «ерзать, вертеться, суетиться», а также «задирать, приставать». Соответственно, «подшебяка» — это тот, кто находится «под» этим действием: либо подчиненный задиры, либо человек, который постоянно оказывается в положении того, кого задирают, «под шебяком». Иными словами, прозвище Подшебякин мог получить не сам задира, а его вечный оппонент или жертва, которую постоянно «шебешат».

Модель образования проста: прозвище Подшебяка (или Подшебяк) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин. Фамилии на -ин образовывались от основ на -а/-я и указывали на прямую связь: «чей?» — «Подшебякин», то есть сын или потомок Подшебяки. Суффикс самый распространенный в северных и центральных областях России, что косвенно подтверждает северное происхождение корня «шебяка».

В словарях русских говоров (например, в «Словаре русских народных говоров») слово «шебяка» фиксируется именно в значении «задира, драчун». Таким образом, фамилия Подшебякин — не про «шебутного» предка, а про того, кто от этого «шебутного» страдал или постоянно с ним сталкивался. Это редкий пример «прозвища-антипода», когда фамилия дана не по характеру носителя, а по его социальной роли в паре с другим человеком.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она не входит в списки распространенных русских фамилий, что говорит о её узколокальном происхождении — скорее всего, из одной деревни или волости. В переписных книгах XVII–XVIII веков такую фамилию можно было бы найти на Русском Севере или в Вятке, где диалектная лексика сохранялась лучше. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией нет, и это нормально: большинство таких прозвищных фамилий остались в крестьянской среде и не попали в элиту.