Фамилия Подшубякина — женская форма фамилии Подшубякин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Подшубяка. В основе лежит диалектное слово «подшубить» или «подшубный», что в северных и сибирских говорах означало «подбить мехом», «сделать подкладку из шубы», а также «утеплить». Прозвище Подшубяка могли дать человеку, который занимался скорняжным делом — подбивал шубы, шил одежду на меху или торговал мехами. Второй возможный вариант — прозвище по внешности или привычке: так могли назвать того, кто постоянно ходил в тёплой, подбитой мехом одежде, «подшубной» шубе, что в крестьянской среде было не так часто и выделяло человека.

Суффикс -ин в основе фамилии указывает на принадлежность: Подшубякин — это сын или потомок Подшубяки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, но точная география бытования не прослеживается по массовым источникам. Словарь Б. Унбегауна не фиксирует эту фамилию в числе распространённых, что говорит о её локальном или позднем происхождении — возможно, из однодворческих или крестьянских семей, где фамилии закрепились только в XIX веке.

Интересно, что фамилия Подшубякин имеет близкие аналоги — Шубин, Подшубин, Шубников. Все они восходят к одному корню «шуб-», но Подшубякин выделяется уменьшительно-пренебрежительным суффиксом -як-, который мог придавать прозвищу бытовой, сниженный оттенок: не просто Шуба, а Подшубяка — «маленький шубник», «подшубный мастер». Это редкая деталь: в русской ономастике модель с -як- чаще встречается в украинских и белорусских фамилиях (Гончаренко, Коваленко), а в русских — реже и обычно в прозвищах, а не в фамилиях. Таким образом, Подшубякины могли быть потомками скорняка или портного, работавшего с мехом, либо человека, получившего прозвище за любовь к тёплой одежде.