Фамилия Подтопта — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы. В ней нет ни -ов, ни -ин, ни -ский: перед нами чистая основа глагола в форме прошлого времени. Это сразу указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где паспортная запись была поздней или необязательной — скорее всего, в крестьянской или казачьей среде юга России или Украины.

Основа «подтопта» восходит к глаголу «подтоптать». В прямом смысле — «примять, затоптать, испачкать ногами». Прозвище могли дать человеку небрежному, который ходит неаккуратно, пачкает полы или мнёт траву. Но есть и другая, более живая версия: в диалектах «подтопта» называли того, кто идёт следом, «подтаптывает» за кем-то, то есть сопровождает, прислуживает или просто ходит по пятам. В таком случае прозвище носило не уничижительный, а описательный характер — например, так могли прозвать младшего работника в артели или мальчика-подпаска.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с такими же «глагольными» фамилиями, как Перепека, Заика, Непомнящий. Но если у тех часто встречаются варианты с суффиксами (Перепёлкин, Заикин), то Подтопта почти не дала производных — это говорит о её локальном бытовании. В документах XVII–XVIII веков фамилия не зафиксирована, что подтверждает её позднее оформление: скорее всего, она возникла не раньше середины XIX века, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям. Встречается в Воронежской, Ростовской областях, на Кубани. На Украине — преимущественно в центральных и восточных районах. Иногда пишется через «а» — Падтопта, что указывает на акающее произношение.

Спорных версий у фамилии немного. Единственная альтернатива — связь с профессиональным термином: «подтоптать» в кожевенном деле означало дополнительно размять кожу. Но в таком случае прозвище дали бы мастеру, а не просто работнику. Версия с прозвищем по поведению выглядит правдоподобнее и объясняет, почему фамилия не получила распространения за пределами узкого круга носителей.