Фамилия Подыниногин образована от прозвища Подынинога. Скорее всего, оно представляет собой пример ироничного украинского именования, образованный по принципу сочетания глагола в повелительном наклонении и существительного. Известно множество подобных именований, например, Копайгора, Вырвиглаз, Варивода, Непийвода, Непийпиво и т.д. Прозвище Подынинога образована от словосочетания, которое означает «подними ногу». Возможно, так называли человека, который медленно ходил или не очень хорошо ездил на лошади. Так и прозвище Подынинога закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Подыниногин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подынинога, со временем получил фамилию Подыниногин.