Фамилия Подыниногин — редкий и выразительный пример славянского именования, которое строится не на имени предка или его ремесле, а на живой, почти анекдотичной бытовой зарисовке. В её основе лежит прозвище Подынинога, образованное по той же модели, что и украинские и южнорусские прозвища вроде Копайгора, Вырвиглаз, Варивода, Непийвода. Это сочетание глагола в повелительном наклонении («подними») и существительного («нога»), которое буквально означает «подними ногу».

Скорее всего, такое прозвище дали человеку с характерной походкой или особенностью движений. Возможно, предок медленно ходил, приволакивал ногу, или, напротив, имел привычку высоко поднимать ноги при ходьбе, что бросалось в глаза и становилось поводом для шутливого прозвища. Есть и другая версия: так могли сказать про неумелого всадника, который неловко садился на лошадь или не мог вовремя поднять ногу в стремени. Прозвище закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, вытеснив другие, а затем, по обычной славянской модели, легло в основу фамилии: суффикс -ин указывает на принадлежность потомку человека с таким прозвищем, то есть «сын Подыниноги».

Сама форма фамилии — Подыниногин, а не Подыниногов — подтверждает, что основой послужило именно прозвище на -а, а не на -о, что типично для украинского и белорусского влияния. Эта особенность делает фамилию самобытным памятником славянской культуры, но точное время и место её возникновения без серьёзных генеалогических изысканий назвать нельзя. Процесс формирования каждой отдельной фамилии был длительным, и привязка к одной местности не всегда очевидна. Ясно одно: за фамилией Подыниногин стоит не абстрактный род занятий, а живая деталь, которая когда-то отличала конкретного человека от других.