Фамилия Похоренко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой на Украине. Суффикс -енко изначально означал «маленький», «сын» или «ученик», то есть Похоренко — это буквально «сын Похоря» или «маленький Похорь». Такие фамилии массово закрепились в Поднепровье и на Левобережной Украине в XVI–XVII веках, вытеснив более древние патронимы на -ович/-евич.

Основа фамилии — прозвище Похорь. Его происхождение неочевидно, но можно выделить две основные версии. Первая связывает Похоря с глаголом «похоронити» (похоронить) или «хоронити» (прятать, беречь). В украинских говорах «похорь» могло означать скрытного, замкнутого человека, который «хоронится» от людей, либо того, кто занимался погребением — копателя могил или сторожа на кладбище. Вторая, более вероятная версия — связь с диалектным словом «похорити» (покорить, подчинить) или «хорити» (болеть, чахнуть). Тогда Похорь — это либо «покорный», смиренный человек, либо тот, кто часто хворает, «хилый». В пользу этой версии говорит параллель с фамилией Похорский, известной в западнорусских землях и связанной с прилагательным «покорный».

Важно не путать Похоренко с похожими фамилиями вроде Похоренков (русифицированная форма с суффиксом -ов) или Похорский (польско-шляхетский вариант). Встречается также вариант Похоренко с ударением на последний слог, что характерно для южных говоров. Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Черкащине, где такие прозвища от глагольных основ были особенно часты. В дореволюционных метрических книгах Похоренко встречаются среди казаков и крестьян, реже — среди мещан.

Спор о корне остаётся открытым: если Похорь — от «хоронити», то предок был либо замкнутым, либо кладбищенским сторожем; если от «покорный» — то человеком смиренного нрава. Обе версии равноправны, и без дополнительных исторических записей (например, прозвища самого первого носителя) выбрать одну невозможно.